先说结论
Y 连锁变异在 Y 染色体上。父亲把 Y 传给每个生物学儿子，把 X 传给每个女儿，所以简单情况下，Y 连锁变异会传给所有儿子，不传给任何女儿。真正的例子很少，因为 Y 染色体上的基因不多，其中许多重要变异影响的是生育能力；如果变异导致无法产生精子，自然情况下也就很难继续传下去。
最短的一张遗传表
| 携带 Y 连锁变异父亲的孩子 | 会得到父亲的 Y 吗？ | 会遗传该变异吗？ |
|---|---|---|
| 儿子 | 会 | 简单情况下会 |
| 女儿 | 不会，她得到父亲的 X | 不会 |
只有父亲能提供 Y，也只有儿子会得到 Y，所以这是一条非常窄的传递路径。
为什么真正的 Y 连锁疾病很少
Y 染色体比其他染色体小，包含的基因也少，其中许多与性别发育和精子生成有关。会造成严重精子生成障碍的变异，会降低自然生育的机会，因此很难一代代传下去。
过去有些只在男性家族成员中出现的特征，曾被归为 Y 连锁，后来发现可能由常染色体基因、激素、共同的生活环境或偶然聚集造成。
识别这种模式，要问三个问题
- 每一位患病男性的父亲，是否也患病？
- 是否所有儿子都受影响，而所有女儿都不受影响？
- 是否连续好几代父系都保持同样的模式？
就算三个答案都是“是”，也仍然需要实验室结果来支持。家庭人数少时，常染色体显性遗传完全可能碰巧只出现在男性身上。
常见问题
- 每个儿子都会遗传 Y 连锁变异吗？
- 简单情况下会，因为每个生物学儿子都从父亲得到 Y。但嵌合、染色体结构变化和辅助生殖等情况，需要单独解释。
- 女儿能携带 Y 连锁疾病吗？
- 通常不能，因为女儿从父亲得到的是 X。极少见的性染色体重排，需要由专科医生解释。
- 父亲和哥哥都有同一种病，能证明是 Y 连锁吗？
- 不能。很多常染色体疾病也会出现父子同时患病。真正沿男性一脉连续多代传递只是线索，确认还要靠基因检测。